Ich fürchte, das ist immer derselbe Name und taugt zur Unterscheidung wenig. Joannis ist der Genitiv (des Johannes), Joes scheint mir eine verkürzte Schreibweise zu sein (das mag vom jeweiligen Schreiber abhängen).
Joy - hm, das müsste man sehen. Ist das schon in Amerika? Dann könnte es eine amerikanisierte Schreibweise sein.

Die Schwierigkeit liegt darin, daß „Johannes“
ein sehr alter
(seid mind. 2500 Jahren nachweisbar!)
hebräischer Name ist,
der schon im Altertum verschiedene „Sprachen“
und Variationen durchlaufen hat.

Zudem gab es ja bis 1900 im deutschen Sprachraum keine einheitliche Rechtschreibung.
Du bist an einem der Punkte der Ahnenforschung
angelangt, an denen schon andere verzweifelt sind.

Ich habe z.B. vier verschiedene Schreibweisen
des Namens meines Großvaters gefunden,
und der ist in den 80ern des 19.Jh. geboren worden!

Es hilft nur eins:
Möglichst viele andere Quellen und Dokumente finden!

Danke an Elisabeth und Bibulus,
verzweifelt bin ich noch nicht,
aber es fehlt nicht mehr viel.