Ohne es noch genauer zu untersuchen, fällt mir spontan zu der Konstruktion mit dem Akk. ein, dass mit dem Ende der Klassik der Akkusativ zum casus generalis wurde, d.h. der einzig noch gebrauchte Fall, vor allem auch bei Präpositionen. D.h. auch bei Konstruktionen, wo im klassischen Latein der Abl. zu erwarten war (also auf die Frage wo?, ...), wurde dann der Akk. verwendet. (Das führte dann übrigens zu den uns bekannten Formen der italienischen und anderen romanischen Sprachen).
Kurz gesagt: wo im klassischen Latein „requiescat in pace“ stand, wurde es dann in den folgenden Jahrhunderten auch zu „requiescat in pacem“ (dort dann eben neben der Konstruktion mit dem Abl., je nach den Kenntnissen des Verfassers von der klassischen Grammatik).